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一、按來源可以分為1.天然染色劑：主要是蘇木素，胭脂紅，地衣紅，番紅花。2.合成染色劑：是從煤焦油中提取的苯衍生物。在生物染色中還使用一些無機化合物，如硝酸銀，氯化金，磺，鋨酸，高錳酸鉀等。

二、按主要用途分為1.胞核染色劑：蘇木素，胭脂紅，甲苯胺藍，美藍，孔雀綠等。2.胞漿染色劑：伊紅，淡綠，橘黃G,酸性品紅,苦味酸等。3.脂質染色劑：蘇丹Ⅲ，蘇丹Ⅳ，蘇丹黑，硫酸尼羅藍及油紅等。

三、按染色劑分子中的發色團可分為九類1.亞硝基類：發色團為亞硝基（-NO)如萘酚緣-B。2.硝基染料：發色團是硝基（-NO2）如苦味酸。3.偶氮類：發色團為偶氮基（-N=N-）屬于這一類的染色劑的橘黃G,剛果紅,俾士麥棕和許多蘇丹類的脂質染色劑。4.醌亞胺類：這類染料含有兩個發色團，一個是印胺基（-N=），一個是醌型苯環，如硫堇，美藍，甲苯胺藍O,硫酸尼羅藍,中性紅,堿性藏紅花O，焦油紫等。5.苯甲烷染料：發色團是醌型苯環，如孔雀緣，淺綠，堿性品紅，酸性品紅，結晶紫，甲基緣等。6.山叮染料：發色團是醌型苯環，如派羅寧，伊紅Y等。7.蒽醌染料：此類染色劑含有色原蒽醌，如茜素和胭脂蟲酸。8.噻唑類。9.喹啉類。8，9類染色劑使用極少。

四、按染色劑的化學性質分類染色劑的干粉是穩定的鹽類，它們在溶液中則電離成酸性或堿性染色劑。如酸性染色劑，能夠產生氫離子（H+)或其它陽離子(Na+),而其本身成為帶負電荷的陰離子者。這類染色劑一般用于染細胞漿，如伊紅Y，苦味酸，橘黃G等。堿性染色劑，能產生氫氧根離子（OH -)或其它負離子(如Cl-),而本身成為帶正電荷的陽離子者。這類染色劑常用于染細胞核,如堿性品紅等。1.酸性染色劑：色原——助色團——Na→[色原-助色團]+Na+。常用的如伊紅，酸性品紅，苦味酸，橘黃G，剛果紅，水溶性苯胺藍，淡綠等酸性染料常用以